Empty adalah seorang gadis muda amnesia. Dia bangun di dunia tetangga, di mana dia bertemu Tokisaki Kurumi. Untuk membunuh gadis misterius itu, Kurumi memimpin Empty ke sekolah. Ketika tiba di sekolah, sejumlah gadis, yang dikenal sebagai semi-roh, berkumpul bersama. Sekarang, pertempuran baru dimulai.