Angin Berkarat telah merusak segalanya. Orang-orang hidup dalam ketakutan akan karat yang mengikis kota dan kehidupan. Bisco Akaboshi, anak laki-laki dari klan “Pelindung Jamur” memulai perjalanan untuk mencari jamur “Pemakan Karat” untuk menyelamatkan gurunya. Dalam perjalanan, Bisco bertemu dengan Milo Nekoyanagi, seorang dokter muda yang juga berusaha mencari cara untuk menyembuhkan adiknya yang terjangkit karat. Keduanya pun bertualang bersama demi menyelematkan orang yang mereka sayangi.